O rio Madeira transporta grande quantidade de troncos, principalmente nos períodos de cheia (estimativa de 30.000 troncos por dia), os quais podem interferir na operação das hidrelétricas em seu curso. Este trabalho apresenta a simulação hidrodinâmica tridimensional do rio Madeira e o transporte desse material lenhoso, para analisar seu comportamento ao longo do rio e ter o conhecimento da sua posição conforme o escoamento. Neste trabalho, os troncos são reproduzidos como partículas pelo modelo PART do Delft3d, simulado através da modelagem Lagrangeana. São apresentados cenários hipotéticos com alguns modos de operação da UHE Jirau e diversas condições de vazões.